太古より、生来、霊的なものとしてこの世に存在し続けている霊。竜神や山神、海神、さらには稲荷などと呼ばれるものがこれに当たります。精霊がさらに進化して神の形になった者と考えてもよいでしょう。太古から続く聖地に祭られている御霊も本来はすべて自然霊であり、古くから自然そのもの、または自然現象そのものと一体化した形で崇められてきました。自然霊に感情はなく、人間に豊穣もたらすと同時に災疫も及ぼします。